Prebiotika er fødevarekomponenter som har en positiv indflydelse på tarmfloraen. Der er mange bakterier til stede i tarmkanalen, og disse kaldes under fællesbetegnelsen 'tarmfloraen". Disse bakterier kan være gavnlige og sundhedsfremmende bakterier, eller sygdomsfremkaldende bakterier.
Prebiotika er kulhydrater som ikke er fordøjet af hunden eller katten, og disse prebiotika ankommer ufordøjet i tarmene, hvor bakterieandelen i tarmen påvirkes.
Nogle prebiotika såsom FOS (frugto-oligosakkarider) fungerer som en fødekilde for de gode bakterier (lactobacils og bifido bakterier), mens de ikke kan bruges af de sygdomsfremkaldende bakterier. Ved at tilføje FOS til foderet, stimuleres de gode bakterier, mens de dårlige bakterier bekæmpes.